Die ersten archäologischen Ausgrabungen auf dem Abteigelände fanden nach 1898 statt und wurden vom Stiftsherrn Pierre Bourban geleitet. Er war es, der das Grab des Hl. Mautitius sowie die Apsiden dreier Kirchen im Ostteil des Geländes, der Martolet genannt wird, freilegte. Was man durch Überlieferung und anhand von Manuskripten wusste, liess sich durch die Relikte in den antiken Ruinen bestätigen.

Der Wiederaufbau der Basilika nach dem Felssturz von 1942 ermöglichte es dem Genfer Archäologen Louis Blondel, eine grossangelegte Ausgrabungskampagne (1944-1946) zu starten, die durch zahlreiche wissenschaftliche Schriften dokumentiert wurde. In den 1970er-Jahren konnte Herr Stoeckli einige Forschungen im Haus Panisset und an der Nordfassade des Klosters durchführen. 

Nachdem Hansjörg Lehner 2 Jahre lang (1994-1996) die Arbeiten geleitet hatte, wurden die archäologischen Bauarbeiten auf Eis gelegt, bis sie 2001-2006 von TERA unter der Leitung von Frau Alessandra Antonini wiederaufgenommen wurden.

Heute wird die Anlage durch ein ausgeklügeltes und wunderbares Museumskonzept in Szene gesetzt.