Lorsqu'au début du XVIIe siècle, les capucins arrivent en Valais, le pays subit fortement l'emprise de la Réforme. Il faudra tout leur zèle missionnaire pour maintenir et raffermir la foi catholique.

Les premiers pères, délégués par la province de Savoie, s'installent à Saint-Maurice. Ils ont pour tâche de prêcher dans tout le Valais. Le problème linguistique devient très vite un fort handicap. Il faut alors faire appel à des pères de la province suisse qui prêcheront dans la partie germanophone du pays. Malheureusement leur coexistence se transforme en rivalité. Dès 1630, les pères suisses se retirent et cèdent tout le Valais à la province de Savoie.

En 1602, les capucins arrivent donc à Saint-Maurice. Ils sont accueillis par l'abbé Pierre de Grilly et surtout par le capitaine Antoine de Quartéry. Ils s'installent dans une résidence appelée l'hospice, proche de l'ancienne chapelle Saint-Laurent en 1610, date marquant la fondation de la communauté des capucins à Saint-Maurice. En 1611, l'Abbaye leur cède cette chapelle. L'année suivante, l'hospice est transformé en couvent ou entièrement reconstruit. Le 6 juillet 1615, l'évêque Hildebrand Jost consacre la chapelle. Proche de marais, sans cesse inondé par les eaux du torrent du Mauvoisin, ce lieu devient vite malsain et inhabitable. A Noël 1637, les capucins quittent la ville. Antoine de Quartéry les retient et les installe dans une de ses maisons en ville. En 1639, l'Abbé et les autorités de Saint-Maurice permettent la construction d'un nouveau couvent près de l'habitation que les capucins occupent depuis le fameux Noël, sur un terrain offert par Antoine de Quartéry au lieu-dit Condémines. L'évêque Adrien III bénit la première pierre de l'édifice en 1640. Son successeur Adrien IV consacrera l'église dédiée à saint Antoine en 1656. L'ancien couvent de Saint-Laurent fournit les matériaux et le mobilier, spécialement un très beau tabernacle offert en son temps par l'évêque. Lorsqu'en 1641, Antoine de Quartéry décède, la nouvelle construction n'est pas achevée. Son buste, placé entre l'entrée du couvent et l'église, rappelle la mémoire de ce fondateur et bienfaiteur du couvent de Saint-Maurice, auquel il avait accordé la jouissance d'une fontaine et légué une forte somme d'argent pour achever les travaux.

L'incendie du 23 février 1693 détruit entièrement le couvent. Les capucins se réfugient à Monthey mais la population de Saint-Maurice demande leur retour. A la fin du mois de novembre 1693, ils réintègrent le couvent (dont seule la cuisine est alors achevée) agrandi grâce à la générosité de tout le Valais. La ville de Sion offre le maître-autel, l'évêque Adrien V la chaire, Jean François Allet, gouverneur, le bénitier. Les balustres du choeur, aujourd'hui disparues, portaient les armes de la famille de Fago et les voûtes de la sacristie celles de la famille de Quartéry. Le linteau de la porte, daté de 1647, est récupéré de la première construction. L'église est consacrée en 1696 par Adrien V.

Le couvent connaîtra deux périodes de transformations. Une première en 1766 lorsque le couvent est rattaché à la province suisse. Puis en 1814, quand les capucins bannis par Napoléon reviennent à Saint-Maurice.

De 1931 à 1939, d'importants travaux sont entrepris. On restaure le cloître et agrandit l'église. Les bâtiments conventuels sont exhaussés d'un étage et une nouvelle aile est construite pour abriter la bibliothèque.